Uma maneira simples e apropriada pode ser definir uma função foobar,
foobar () { ./foo "$@" | ./bar ; }
(na linha de comando, conforme necessário, ou em alguns scripts de inicialização, como ".bashrc", por exemplo). Então, sempre que você fizer:
foobar "this" that "and this also"
fará
./foo this that "and this also" | ./bar