Boa pergunta. A única referência que encontrei para esses arquivos está em man insserv
:
/etc/init.d/.depend.boot,
/etc/init.d/.depend.start,
/etc/init.d/.depend.stop
The make(1) like dependency files produced by insserv for booting,
starting, and stopping with the help of startpar(8).
E, de fato, executar apenas insserv
afeta seu tempo de modificação. Então tente isso e veja se ele os recria.
Como uma dica, quando você for tentado a excluir algo assim por qualquer motivo, mova-os para um diretório de lixeira temporário.