Porque o bash (e possivelmente outros shells) rastreiam o caminho que você desceu, incluindo links simbólicos, para fazer com que a sua trilha volte a se parecer com a que está abaixo.
O Bash sabe como você chegou ao diretório de trabalho porque cd deve ser um shell embutido. Quando você executa ls .. , o shell não pode substituir o "caminho simbólico" porque grep .. também é válido e traduzir .. seria terrivelmente confuso.
Do jeito que está, o shell atualmente tem duas interpretações de .. , o que poderia ser discutido é tão confuso como se ele nunca tentasse ajudar.