Você pode definir o navegador de arquivos padrão editando o arquivo ~/.local/share/applications/mimeapps.list
. Abra este arquivo e mude a linha inode/directory
como segue
inode/directory=nautilus.desktop;
Se isso não funcionar, você deve alterar o gerenciador de arquivos no arquivo
/usr/share/applications/mimeinfo.cache
adicionando (ou atualizando) esta linha
inode/directory=nautilus.desktop