Eu acho que você pode remontar root
, em outro lugar (sem suas submontagens. Em seguida, execute o encfs nele.
sudo mount --bind / root
montará /
no diretório root
, sem submontagens. Você pode usar encfs
no modo reverso para fazer o que quiser.
Note, entretanto, que é um grande esforço para criptografar e fazer backup dos arquivos que estão em seus repositórios distros. Você pode considerar outras alternativas: fazer backup, etc. (use etc-keeper e faça backup do repositório). Procure boas políticas de backup para fazer backup de máquinas Unix, há uma boa separação entre o que precisa ser feito e o que você pode obter dos CDs do seu distribuidor e quais mudanças são tão frequentes que um backup estará desatualizado (outras medidas são necessárias ).