apenas seja mais específico:)
em vez de:
*background: ...
use:
*vt100.background: ...
Isso garantirá que você esteja afetando apenas os terminais vt100 e não outros aplicativos. Eu tive esse problema com o Mathematica e minha solução deve funcionar para você também. a propósito, eu gosto de como você implementou a troca de luz / escuridão.