Você pode definir uma função de shell que cole sem a nova linha à direita.
No zsh, o seguinte comando recupera o conteúdo da área de transferência, menos as novas linhas à direita e a exibe para edição (mesmo se houver várias linhas):
print -z 'xsel -b'
No bash, você pode empurrar o conteúdo da área de transferência menos arrastar novas linhas para a pilha do histórico. Depois disso, pressione Up para ativar o comando para edição.
history -s 'xsel -b'