Os LiveCDs são configurados para funcionar especificamente com um sistema somente leitura. Quando você copiou os dados via UNetBootin, apenas fez uma cópia, a única diferença é o meio de inicialização. O sistema de arquivos e o sistema operacional ainda são projetados como se o meio fosse somente leitura, seja esse o caso ou não.
O recurso que você está procurando é chamado de "Persistence" ou "Live CD Persistence", consegui encontrar uma postagem útil de um usuário do Mint nos fóruns do Mint em como criar uma instalação persistente .
Se você não gostar dessa opção, sua melhor opção para soluções alternativas provavelmente seria:
- Execute o instalador do Mint e segmente o USB para instalação
- Crie uma partição pequena separada no USB para salvar alguns dados (não ajudará nas configurações do sistema)