Você deve conseguir modificar o atalho de teclado atribuído à troca de janelas na área de trabalho do lado do servidor VNC. Você não especificou o ambiente de área de trabalho que está usando, mas no meu computador (Ubuntu 10.10 com Gnome) este é o painel de controle Atalhos de teclado no menu Sistema (Sistema> Preferências> Atalhos de teclado).
AfunçãoAlt-Tabestápróximadaparteinferior(em"Gerenciamento de janelas", chamada "Mover entre janelas, usando uma janela pop-up"). Altere-o de Alt-Tab para algo que não seja um atalho no seu computador Windows ou nos aplicativos que você está usando no lado do servidor VNC.