Parece ser o caso, a ação at será preservada após a reinicialização, conforme respondido aqui .
Yes they are persistent across reboots (they're just files in a spool).
Arquivos usados por at , conforme detalhado na página man:
/var/spool/at
Quando você agendar uma ação, ela será armazenada em um arquivo em /var/spool/at/<action_file>