Se o vírus infectar apenas o Windows, você não será infectado se não executar nada dessa instância do Windows. Portanto, inicializar a partir de um CD do Linux é bom, e seu computador estará bem se você instalar o Linux (ou mesmo se você reinstalar o Windows a partir do zero).
Se você acessou o cartão SD a partir do Windows, o vírus pode tentar se copiar para ele e depois se espalhar para outras máquinas. As outras máquinas teriam que ser vulneráveis ao vírus, o que, na prática, significa que elas precisariam rodar o Windows. Reformate o cartão SD no Linux se você estiver preocupado que ele possa conter o vírus.
Em teoria, um vírus pode infectar alguns firmwares em seu computador (o BIOS ou qualquer outro firmware). No entanto, o malware infectante de firmware é extremamente raro na natureza. A menos que você esteja preocupado que este seja um ataque combinado de um invasor altamente motivado, em vez de um trojan infectado pelo menos protegido, não se preocupe com isso.