Altere a primeira linha em 50-synaptics.conf
para
Section "InputClass"
InputDevice
foi usado para definir regras e opções para um dispositivo específico e não tenho certeza se ainda é suportado.
InputClass
é uma seção mais recente que permite a correspondência de vários dispositivos conectados, dependendo de várias regras de correspondência. Porque você tem a linha MatchIsTouchpad
você deve estar usando InputClass
. Dessa forma, você está dizendo ao xorg para combinar essas regras com todos os touchpads. Você pode ver a documentação do Fedora para mais detalhes.