Existe uma ferramenta, que vai além de rsync , que pessoalmente eu acho que é uma das melhores ferramentas de sincronização lá fora, e isso é Uníssono .
Devo salientar, no entanto, que uma cópia total de 1: 1 de uma máquina e outra, provavelmente não é a melhor ideia, uma vez que são dois computadores diferentes, etc.
A sincronização de pastas de documentos, no entanto, é feita facilmente com rsync ou unison .
outra opção seria usar repositórios git não apenas para projetos, mas também para arquivos de configuração e outros documentos. Como este é um sistema descentralizado, você não precisa de servidores para sincronizar, etc.
A sincronização parcial do seu diretório $HOME não deve ser um problema, apenas procure por coisas como as configurações do Gnome, etc. Em essência, você deve decidir cuidadosamente, o que sincronizar e o que não.