O histórico é persistido no arquivo viminfo ; você pode configurar o que (e quantos deles) é mantido por meio das opções 'viminfo' (e 'history' ).
Você pode limpar o histórico por meio da função histdel() , por exemplo para pesquisas:
:call histdel('/')
Você pode até excluir apenas determinados intervalos de histórico ou linhas correspondentes.
Como alternativa, você também pode editar o arquivo ~/.viminfo diretamente (quando o Vim é fechado e com outro editor ou com vim -i NONE ).