Pelo que entendi, no seu caso, o servidor tem um endereço para cada sub-rede: 192.168.1.1 e o outro pode ser 192.168.2.1
Acho que você deseja que os clientes recebam o endereço do servidor de sua sub-rede correspondente.
Eu tive o mesmo problema, encontrei resposta em link
Marque "-y, --localise-queries" na página man do dnsmasq.
Você também pode colocar "localize-queries" no dnsmasq.conf e colocar as duas entradas de endereço do servidor no arquivo / etc / hosts.