É semelhante a como os dados em um arquivo rm
'd ainda estarão lá até que o espaço em disco seja reutilizado. O Thunderbird o liberta, mas na verdade não o libera (o que poderia envolver a movimentação de mensagens posteriores no arquivo, etc.).
A maneira de liberar é compactar a pasta. Clique com o botão direito na lixeira e selecione "Compact". Isso deve resolver. Você também pode selecionar 'Compact Folders' no menu File para fazer todas as pastas.