Eu encontrei uma maneira de limitar a velocidade do ftp:
No /etc/proftpd.conf
insira esta linha:
TransferRate RETR,STOR,APPE,STOU 2000
Isso limitará a velocidade do FTP para 2 megabytes por segundo.
Depois de alterar o arquivo, você deve reiniciar o serviço proftpd:
/etc/init.d/proftpd restart