Um servidor de arquivos Samba funcionaria muito bem para isso. Eu não tenho certeza exatamente o que você quer dizer com "linkado", mas você não deve ter nenhum problema, contanto que você mantenha a mesma árvore de diretórios de compartilhamento que você tinha no Windows, e enquanto os programas estiverem procurando pelo Z: \ unidade (ou qualquer letra de unidade que você mapeie o compartilhamento como) e não o endereço IP específico ou nome de domínio da máquina Windows.
Aqui está a documentação oficial do Ubuntu para configurar um servidor de arquivos Samba.
Aqui está o guia avançado que mostra como configurar a autenticação.