Consegui resolver esse problema desabilitando o TSO, GSO e GRO com o seguinte comando (esse comando precisa ser executado novamente após a reinicialização do servidor e também pode ser adicionado ao rc.local):
ethtool -K eth0 gso off gro off tso off
Já se passaram mais de 6 meses e o problema não ocorreu novamente, pois eu desabilitei isso.