Alguns anos atrás eu usei um teclado de PC com um Mac OS 9, Mac OS X e Linux. A chave do Windows gerou o mesmo código de tecla que a tecla de comando da Apple e apareceu no linux como 'meta' ou algo assim. Tente a resposta do geekosaur para mapear a chave do Windows aqui.
Mesmo que seja o código de acesso incorreto, algo muito semelhante deve fazer por você.
Editar: Exemplo da seção xorg.conf para mapear a função Control para as teclas do Windows de acordo com as instruções do geekosaur.
Section "InputDevice"
Identifier "Keyboard0"
Driver "keyboard"
Option "XkbLayout" "us"
Option "XkbOptions" "altwin:ctrl_win"
EndSection