Estou um pouco confuso com o seu comando porque não entendo onde você está tentando descartar o arquivo, mas se você corrigir isso, deverá funcionar:
Isso está errado:
scp ~/.ssh/id_rsa.pub [email protected]**:id_rsa.pub**
A linha acima não possui o caminho correto. Deve ficar assim:
scp ~/.ssh/id_rsa.pub [email protected]:/root(or other user path)/.ssh/id_rsa.pub
Basicamente, o que está faltando é o '/' após o ':' e o local do caminho correto para onde você deseja descartar o arquivo. Também como uma nota lateral, você só precisa do caminho, o nome do arquivo no final desse caminho funciona mais como um recurso de renomeação. Então, usando o exemplo acima novamente, isso também é válido:
scp ~/.ssh/id_rsa.pub [email protected]:/root(or other user path)/.ssh/