My processor is using a big part of my RAM memory as cache and I want to clean it up because of that; will it prejudice something?
Sim, muito do que está atualmente em cache precisará ser obtido do disco. O acesso do disco costumava ser 100 vezes mais lento que o acesso à memória. A velocidade da memória aumentou muito mais rapidamente do que a velocidade do disco, por isso é provável que seja 10s de milhares de vezes mais lento. Como resultado, qualquer coisa que exija algo que esteja agora no cache será mais lenta na primeira vez que você acessar os dados liberados. Se é humanamente perceptível depende de quanto precisa ser recuperado.
A RAM é uma commodity relativamente cara em comparação com o disco, mas ainda é bem barata. O cache não é permanente, e as coisas mais antigas no cache serão liberadas, se necessário, para algo como executar um programa ou fazer cache de algo usado mais recentemente.