O DBUS é um sistema IPC, o que significa que é uma forma de diferentes programas se comunicarem entre si.
Em um sistema Ubuntu normal, há uma instância dbus do sistema e uma instância em execução para cada usuário logado. O processo que pertence a um usuário que deseja se comunicar com outros processos do mesmo usuário não precisa usar o sistema inteiro.
Parece que o Docky e o Tomboy estão tentando usar o dbus do usuário. Então, pelo menos, você deve iniciar um daemon dbus para esse usuário antes do Docky. Você pode fazer isso com:
su - user -c 'dbus-launch'
Mas é bem provável que você encontre outro problema. O computador faz muitas coisas na hora do login, e programas complexos como o Docky provavelmente esperam que alguns deles sejam feitos.
Você pode verificar /etc/X/Xsession.d a maioria dos scripts que são executados no momento do login. Esses são os scripts relacionados ao X, o que significa que eles são executados para todos os ambientes de desktop. Qualquer coisa que imagine que o Docky precise deve ser iniciada aqui, já que o Docky é independente de DE.