Use ./ antes do nome do arquivo:
for i in *; do stat -c "%s %n" "./$i"; done
Ou use -- para indicar o final das opções para stat :
for i in *; do stat -c "%s %n" -- "$i"; done
Embora esse ainda falhe em um arquivo chamado - (relata as informações do arquivo aberto no stdin em vez do arquivo - no diretório atual).