Tente executar shopt dotglob nesse mesmo shell.
Provavelmente, dotglob está desativado, o que faz com que * expansion (globbing) não inclua arquivos e diretórios cujos nomes começam com . (incluindo as entradas de diretório especiais . e .. que Tenho certeza absoluta de que nunca estão incluídos na expansão de curingas; imagine o caos causado se rm -rf ./* foi expandido de modo a incluir ./.. ).
Assim, quando você executa du -hs /home , ele conta tudo nesse diretório, mas du -hs /home/* se expande para apenas du -hs /home/paper e, portanto, apenas o último diretório é contado.
Como presumivelmente /home/.ecryptfs contém os dados criptografados, faz sentido que seja aproximadamente do mesmo tamanho que os dados descriptografados. Portanto, os arquivos são contados efetivamente duas vezes, mas somente quando você aponta du no diretório pai.
Se você shopt -s dotglob ativar a configuração do dotglob nessa sessão de shell, execute sudo du -hs /home/* novamente, provavelmente verá que ela é exibida com o mesmo tamanho que se você executasse sudo du -hs /home .
Outra maneira de demonstrar isso é colocar echo no início do comando. Assim, por exemplo, em vez de du -hs /home/* , você poderia tentar echo du -hs /home/* , que mostrará como o * é expandido pelo shell.
Como um aparte, eu recomendo que você não comece a executar habitualmente tudo através de sudo . Use sudo quando você deve, mas não o contrário. Não deve haver necessidade, por exemplo, de executar ls -la /home como o superusuário; o diretório /home provavelmente será legível em todo o mundo.