Há um idioma famoso "awk" exatamente para isso. Você quer fazer:
awk '!seen[$1,$2]++' file
Isso cria um array associativo "visto" com as 2 colunas como chave. Use o operador de pós-incremento para que, pela primeira vez que você encontrar essa chave, o valor seja zero. O uso do operador de negação para um resultado "verdadeiro" na primeira vez que você ver a chave.