Sim, seus arquivos estarão seguros em ambas as circunstâncias.
Mas, como você corretamente alude, o Ubuntu One não é uma ferramenta de backup. Se você excluir acidentalmente um arquivo, esse arquivo também será excluído da nuvem.
Apenas curioso sobre o Ubuntu One - por exemplo, se um dia, meu computador não conseguir inicializar, será feito backup de tudo? Ou se meu disco rígido ficou frito ou o que quer que seja - ainda assim seria seguro, ou perceberia que os arquivos foram eliminados e os excluirá da nuvem?
Sim, seus arquivos estarão seguros em ambas as circunstâncias.
Mas, como você corretamente alude, o Ubuntu One não é uma ferramenta de backup. Se você excluir acidentalmente um arquivo, esse arquivo também será excluído da nuvem.