Eu não sei especificamente sobre o gnome-terminal, mas você pode colocar o xterm padrão com um tamanho específico de colunas e linhas como este:
xterm -geometry 80x24+50+100
É um xterm de 80 colunas e 24 linhas, com o corder noroeste em (50, 100). Acredito que X11 faz suas coordenadas em (x, y), onde o canto superior esquerdo da tela é (0,0) e as coordenadas ficam maiores à direita e abaixo.