O comando bash aceita uma opção --rcfile filename isso vai:
Execute commands from filename (instead of ~/.bashrc) in an interactive shell.
Portanto, se você executar bash --rcfile ~/.config/bashrc , você carregará esse arquivo.
Existe não uma maneira de configurá-lo para carregar a partir daí por padrão (onde você o configuraria?), além de recompilá-lo com modificações (altere a definição de bashrc_file in shell.c - não é uma opção de configuração). Você pode criar um wrapper que execute bash com a opção --rcfile e passe todos os outros argumentos inalterados - você teria que adicioná-lo a /etc/shells para poder definir esse wrapper como seu shell, e você tem que ter cuidado ao fazer isso. Qualquer uma dessas opções é viável, mas não trivial para acertar.
Se você estiver em um sistema de usuário único, outra opção é colocar toda a sua configuração nos arquivos de todo o sistema em /etc , mas isso não está realmente resolvendo o problema. Você também pode fazer com que o arquivo de todo o sistema detecte como foi executado e reexecute bash com a opção --rcfile automaticamente, mas isso parece ainda mais complicado do que as outras abordagens.
Minha recomendação seria acostumar-se a ter um dotfile extra em seu diretório pessoal, mas as abordagens acima são factíveis se você realmente não puder.