Se você usar a opção guiada, tudo, exceto o / boot, será criptografado.
Como isso funciona é que você tem uma série de contêineres. Primeiro é uma partição física. Dentro da partição é um contêiner de cripta (LUKS). Dentro do LUKS você usa o LVM para dividir o crypt em / e swap.
Se você particionar manualmente, certifique-se de que / home também esteja na LUKS crypt / LVM.
Então, se você particionar manualmente, você primeiro cria uma cripta LUKS. Então, dentro da cripta, você usa o LVM para fazer /, trocar e, se desejar, / home, mas, com o LUKS, faz menos sentido ter um / home separado, já que você não pode preservar facilmente um / criptografado se instalar. Não é impossível fazer, apenas alguns passos mais difíceis.