ls não exibe cores por padrão, geralmente é um alias para ls --color=auto definido em .bashrc . Verifique se você está invocando ls diretamente ou por meio de um alias com type ls .
Se o resultado for ls is /bin/ls talvez seu .bashrc não tenha sido carregado quando você criou a sessão tmux . Em caso afirmativo, tente recarregá-lo com source ~/.bashrc .