Historicamente, os comandos do UNIX são curtos porque, na época em que o sistema era criado, a memória era escassa, as redes eram lentas, o teclado difícil de usar e os terminais (quando disponíveis - na maioria das vezes impressão em papel) tinha uma resolução pequena. Então, fazia sentido tentar economizar o máximo possível.
É claro que não é possível reduzir ao máximo qualquer comando arbitrário e o seu é um bom exemplo: md
pode ser melhor atribuído a um comando para gerar um hash MD, e uma abreviação de "directory" é "dir", então Escolher mkdir
para um comando que cria um diretório faz todo o sentido.
Veja também a minha resposta aqui:
Para resumir, não há nenhuma convenção - tanto quanto eu sei - para nomes de comandos UNIX, além das diretrizes acima mencionadas que vêm de limitações técnicas históricas.