Não. O ext3fs não suporta fragmentação de blocos, então um arquivo de um byte usará um bloco inteiro de 4096.
Por outro lado, por exemplo, o UFS suporta quatro fragmentos em um bloco, para que arquivos pequenos não preencham um sistema de arquivos tão rápido quanto eles farão no ext3fs.
Isto não está relacionado à fragmentação do disco, que é sobre blocos de dados de arquivos não serem contíguos e sequenciais.