A estrutura interna dos sistemas de arquivos é totalmente diferente entre si, então diferentes programas são necessários para diferentes sistemas de arquivos. Mesmo em sistemas UNIX / Linux, existe um programa de verificação de sistema de arquivos dedicado para cada implementação do sistema de arquivos (ext *, xfs, jfs, etc.)
Normalmente, o comando inicial chkdsk / fsck verifica o formato do sistema de arquivos subjacente e, em seguida, chama o programa de verificação dedicado.