Encontrei uma solução apenas por acaso:
Configurações - > Configuração do Kate - > Abrir / Salvar - > Tipos de arquivos
Se eu clicar em "Baixar arquivos de realce de sintaxe", todos os arquivos que já estão instalados e podem ser atualizados (uma nova versão está disponível) são marcados aqui. Em seguida, um clique em "Instalar" atualiza todos esses arquivos. Depois disso a pasta
~/.kde/share/apps/katepart/syntax
existe e inclui todos os arquivos XML instalados. Agora posso adicionar arquivos adicionais a essa pasta ou modificar os arquivos existentes nela. As modificações serão aplicadas depois de reiniciar o Kate .
Isso resolve o meu problema por enquanto. Mas eu não entendo porque funciona dessa maneira! (Talvez alguém possa comentar sobre isso)
A outra tarefa aberta é como se pode escolher uma pasta diferente para os arquivos XML .