Provavelmente, seus user-dirs são redefinidos para $HOME/ cada vez que você reinicializa, porque esses locais não estão disponíveis na inicialização da sessão quando xdg-user-dirs-update é executado automaticamente.
Após editar ~/.config/user-dirs.dirs , uma solução possível é impedir que xdg-user-dirs-update seja executado (e redefinir sua configuração a cada inicialização da sessão) adicionando enabled=False ao seu user-dirs.conf :
enabled=boolean
When set to False, xdg-user-dirs-update will
not change the XDG user dirs configuration.
Portanto, para desativá-lo apenas para sua conta de usuário, adicione enabled=False a ~/.config/user-dirs.conf (isso substituirá as configurações de todo o sistema). Se você quiser desativá-lo para todos os usuários, adicione essa chave / valor a /etc/xdg/user-dirs.conf .