Isso é realmente mais complicado do que você imagina. O problema é que o XP não sabe nada sobre outros sistemas operacionais, e não tem conhecimento do Linux e não consegue inicializá-lo. Assim, quando o Linux é instalado com o XP, ele substitui o gerenciador de inicialização do Windows pelo GRUB, que pode inicializar dualmente qualquer coisa. Há um perigo inerente aqui para um iniciante, que é que o carregador de inicialização do Windows não está mais presente no Master Boot Record (MBR). Este é o pequeno código que é lido na inicialização e tem inteligência suficiente para se ramificar para um programa de inicialização mais detalhado, parte do GRUB que está na partição Linux.
Se você retirar a partição do Linux, o Windows não inicializará mais. Não é difícil consertar se você sabe como, mas a maioria das pessoas não sabe. Então, a primeira coisa que não é fazer é deletar sua partição Linux até que você tenha algo para substituí-la. Isso não é necessariamente um problema, mas é definitivamente algo que você quer entender.
Se você for cuidadoso sempre que instalar o Linux em uma segunda unidade, poderá instruí-lo para instalar o carregador de boot no MBR do 2º disco rígido, para que você possa remover a unidade e a outra ainda inicializará. Mas, é tarde demais até agora, até você substituir o carregador de inicialização do Windows na primeira unidade. Isso pode ser feito de algumas maneiras, mas algumas pessoas simplesmente não são capazes de fazê-lo por algum motivo.
Eu costumava fazer isso usando um CD inicializável do DOS com fdisk. Você geralmente pode encontrar e baixar isso. Então, você pode simplesmente inicializar o CD e rodar o "fdisk / mbr", o que substituirá o GRUB e fará apenas o Windows Bootable. Outra maneira é usar o disco de reparação do Windows XP e executar o FIXMBR ou algo similar. Eu nunca fiz assim. Você também pode encontrar discos de inicialização on-line que consertarão isso automaticamente para você. Eu fiz isso, mas não me lembro do site - suponho que você possa pesquisar com a mesma facilidade que eu ou talvez alguém preencha alguns detalhes.
No futuro, você poderá desabilitar a unidade do Windows quando instalar o Linux, para garantir que ele não seja alterado novamente. Quando isso for feito, ative-o. É possível que a unidade do Windows seja adicionada ao menu no futuro, mas ela só será exibida se você inicializar a partir da unidade Linux e nunca será o padrão, por isso não é grande coisa.
Mover o Linux é realmente muito mais fácil do que o Windows, na medida em que é realmente possível. :)
Você realmente precisa movê-lo para uma nova unidade? Você pode copiar o disco iniciando a partir do CD interativo e instalando o GRUB no MBR dessa unidade. A maneira mais fácil de fazer isso é criar um "System Rescue CD", que é um produto gratuito do link que pode fazer esse tipo de coisa automaticamente. Ou, você pode instalar o Ubuntu a partir do CD nesta unidade e, em seguida, copiar todos os diretórios para ele da unidade antiga, ao inicializar a partir de um CD ativo. Apenas certifique-se de copiar todos os arquivos, incluindo arquivos ocultos. É um pouco arriscado, mas é factível.
Existem várias maneiras de copiar um disco; você pode fazer isso usando gparted usando copy and paste, o que eu fiz muitas vezes com sucesso. Você também pode simplesmente copiar seus diretórios pessoais para uma nova instalação, reinstalar quaisquer programas e, provavelmente, obter a maioria das configurações. Eu costumo copiar seletivamente muitas coisas de uma instalação antiga para uma nova (normalmente do meu diretório pessoal e / etc).
Se precisar de mais ajuda ou detalhes, terá que perguntar. Eu realmente não sei o quanto você precisa agora, e eu não sou realmente paciente o suficiente para um guia passo a passo.