Você trataria as portas clang como um compilador alternativo, assim como quando o GCC era o padrão.
De acordo com o wiki do FreeBSD, adicione as seguintes linhas ao /etc/make.conf (se você quiser usar clang para tudo, até mesmo portas), ou /etc/src.conf (se você quiser usar o clang apenas para o mundo e o kernel):
CC=/path/to/clang
CXX=/path/to/clang++
CPP=/path/to/clang-cpp
Verifique onde os ports clangam os binários onde foram instalados em / usr / local e ajuste de acordo.