Acredito que você esteja procurando o comando update-ca-certificates . Isso não deve exigir nenhuma entrada do usuário.
No entanto, você está instalando o certificado no lugar errado; você quer colocá-lo em /usr/local/share/ca-certificates/ ; esse é o diretório para certificados adicionados localmente e qualquer um adicionado nele é automaticamente confiável.
Se você realmente quiser colocá-lo em /usr/share/ca-certificates/ , terá que adicioná-lo a /etc/ca-certificates.conf (para torná-lo confiável) antes de chamar update-ca-certificates .