Na verdade, existem duas configurações diferentes. Aquele que você descreveu em sua pergunta, Ctrl + Shift + M ou Configurações > Show Menubar é apenas para a janela atual.
Você pode desativar a barra de menus para janelas recém-criadas permanentemente, desmarcando Configurações > Configurar o Konsole > Geral > Mostrar barra de menu por padrão ou alterando / adicionando
[KonsoleWindow]
ShowMenuBarByDefault=false
para ~ / .config / konsolerc