Em zsh, com o "novo" sistema de conclusão (ou seja, se você tiver compinit no seu .zshrc ), use o file-patterns style .
zstyle ':completion:*:*:vim:*' file-patterns '^*.(aux|log|pdf):source-files' '*:all-files'
Os arquivos que correspondem ao padrão *.(aux|log|pdf) só serão preenchidos na linha de comando vim se, de outra forma, não houver conclusão.
Você pode usar um padrão para o nome do comando, em particular * para corresponder a todos os comandos, exceto aqueles que são correspondidos explicitamente.