rsync é a ferramenta errada para essa tarefa, exatamente pelas razões que você encontrou. Em vez disso, considere usar unison :
unison A/ B/
Na primeira vez que você executar isso, ele identificará os arquivos que são exclusivos em A e aqueles que são exclusivamente em B . Ele também sinaliza aqueles que estão em ambos os lugares e pede que você identifique o que deve ser sobrescrito.
Na próxima vez que você executar isso, copiará as alterações de A para B e também de B para A , sinalizando todos os arquivos que foram alterados nos dois locais para resolução manual.
mkdir A B
date > A/date
who > B/who
unison A/ B/
# Lots of output from unison, showing synchronisation
ls A
date who
ls B
date who
date > A/date
unison A/ B/
# Lots of output from unison, showing synchronisation
Há vários sinalizadores úteis disponíveis para unison , que ajudam a automatizar o processo definindo premissas e, com isso, reduzindo o número de perguntas feitas durante a sincronização.