O servidor VNC não consegue lidar com os efeitos 3D. O cliente VNC, na verdade, controla a área de trabalho, mas as atualizações não retornam à tela do cliente VNC. Para que as atualizações voltem ao cliente, faça o seguinte:
No lado do servidor, efetue logout. Agora mude o tipo de sessão. Depois de inserir seu nome de usuário, pressione a roda no canto superior direito da caixa de login e escolha "Ubuntu 2D" como o tipo de sessão.
Agora, quando você fizer login novamente, os clientes VNC verão as alterações que eles fazem. Qualquer tipo de sessão que desative efeitos 3D deve funcionar.