Sempre que um pacote é instalado automaticamente por apt-get , porque é uma dependência de algum outro pacote, apt-get observa esse fato; então, se notar que nada depende mais de tal pacote, ele sugerirá que o pacote seja removido. Isso é particularmente útil para bibliotecas.
Isso é tudo o que se entende por "não é mais necessário": apt-get não sabe se você está usando os pacotes ou não, mas sabe que eles foram instalados automaticamente e nada depende mais deles.
Para informar a apt-get que um pacote não deve ser considerado como instalado automaticamente, execute apt-mark e marcá-lo como manual [instalado]:
apt-mark manual git rsync
Ou instale-o explicitamente (isso não fará nada se a versão mais recente do pacote já estiver instalada, exceto para marcá-lo como instalado manualmente):
apt-get install git rsync
Como esses pacotes já estão instalados, apt-get não os instalará novamente, mas os marcará como explicitamente instalados e não sugerirá sua remoção. (Se os pacotes não são as versões mais recentes disponíveis, apt-get irá atualizá-los.)