Você pode querer fazer backup de tudo e reformatá-lo para fat32.
NTFS pessoalmente não gosta de mim e aleatoriamente (eu não encontrei uma maneira de reproduzir corretamente) vai me bloquear fora da unidade do meu sistema operacional Windows; basta desmontar e montar novamente a unidade.
Se você quiser, tente a partição NTFS, mas acho que é mais fácil usar o fat32, porque não há permissões para se preocupar.
BTW: Certifique-se de que, em ambos os sistemas operacionais, você remove a unidade com segurança, mesmo que seja improvável que possa causar dados indesejados no disco, descobri.
(uma boa ferramenta de particionamento GUI que eu uso é Gparted.)