Você pode usar urxvt-perls para ativar os atalhos de teclado para copiar e colar no urxvt.
Coloque os scripts necessários em /usr/lib/urxvt/perl/
e adicione essas linhas ao seu .X{resources,defaults}
:
URxvt.perl-ext-common: ...,keyboard-select
URxvt.keysym.M-Escape: perl:keyboard-select:activate