which python apenas informa o executável que seria executado com o comando python , ou seja, ele normalmente retorna exatamente um resultado por argumento, a menos que você especifique -a , caso em que procura todos os diretórios na variável de ambiente $PATH . Mas em todos os casos, é o mesmo comando python .
Se você quiser saber quantas versões do python estão instaladas em seu sistema, é melhor usar locate /python | grep /bin ou ls -l /usr/bin/python* ou yum --showduplicates list python .
Quanto às suas duas python instâncias, as chances são de que uma delas é um link [simbólico] : verifique com which -a python | xargs ls -li . Se você quiser remover uma versão específica do python, será necessário especificar esse número de versão na linha de comando yum , por exemplo, : yum remove python-2.7.2.el5s2 .
EDITAR : como os relatórios mattdm , /bin é um link simbólico para /usr/bin no Fedora. Conseqüentemente, você não pode excluir o python de nenhum desses locais com rm , caso contrário, você acabaria excluindo o python. O argumento -i para ls in which -a python | xargs ls -li neste caso mostrará que ambas as instâncias de python têm o mesmo inode.
Note que você não é necessário para remover manualmente os pacotes específicos da versão, já que o objetivo do gerenciador de pacotes é precisamente puxar as versões adequadamente, conforme os requisitos de dependência. Se uma versão específica estiver instalada, ela estará lá por um bom motivo. É provável que a remoção de um remova outros pacotes.
Finalmente, use o gerenciador de pacotes de sua distribuição por todos os meios para instalar pacotes e suas dependências, especialmente aqueles que pertencem ao repositório da distribuição ... a menos que seja impossível de outra forma. Eu posso estar errado, mas se você contar com pip para atualizar alguns dos pacotes principais, então o gerenciador de pacotes ficará confuso e provavelmente se atrapalhará com as dependências que você satisfez manualmente. (Na verdade, é o contrário: deixar pip gerenciar dependências vai atrapalhar com yum .)