Você está colocando seu arquivo mestre no lugar errado. Você quer usar um gancho initramfs.
Dê uma olhada abaixo de /usr/share/initramfs-tools/hooks
lá você verá exemplos, mas em breve você quer fazer algo como:
#!/bin/sh
PREREQ=""
prereqs()
{
echo "$PREREQ"
}
case $1 in
# get pre-requisites
prereqs)
prereqs
exit 0
;;
esac
. /usr/share/initramfs-tools/hook-functions
mkdir -p ${DESTDIR}/etc/motd || true
cp -pnL /etc/motd ${DESTDIR}/etc/motd
chmod 644 ${DESTDIR}/etc/motd
Espero que ajude.
Lembre-se de que o script de gancho deve ser executável.
UPDATE : Lembre-se também que, se o seu sistema for inicializado, é provável que o ambiente initramfs tenha sido substituído pelo seu sistema de arquivos raiz. Você deve ser capaz de verificar o que sua imagem initramfs contém via cpio
etc.