Se o seu aplicativo precisar ser modificado por um usuário, você não deve instalá-lo no sistema, mas fazer com que ele faça algum tipo de instalação local na pasta inicial do usuário. $HOME/yourapp/{bin,images,sounds}
etc.
A maioria dos caminhos do sistema, como / var, / usr, não é e não deve ser acessível por usuários.
A alternativa é instalar seu aplicativo normalmente, mas crie uma espécie de sobreposição no $ HOME / .yourapp que inclui todas as coisas que o usuário mudou e que são diferentes dos padrões do sistema.