Não, você não precisa alterar nenhum script. Parece que sua configuração do Buildroot está incorreta, mas como você não forneceu sua configuração, não há uma maneira real de fornecer uma resposta precisa. Você pode executar make savedefconfig e postar a saída deste arquivo aqui?
Basicamente, o que o Buildroot está reclamando aqui é uma incompatibilidade entre a versão dos cabeçalhos do kernel que está encontrando e a versão dos cabeçalhos do kernel que você especificou na configuração. Provavelmente, você precisa ir em make menuconfig e alterar a opção na qual você declara a versão dos cabeçalhos do kernel (sob o menu Toolchain ).